困ったこと
検索フォームに複数あるチェックボックスを、ユーザーさんが一括でチェックできたら便利だと思い、調べたところJavaScript（もしくはｊQuery）で実装可能だということが分かりました。 ワードプレスでJavaScriptを使うのが初めてだったのですが、WEBで調べてもなかなかそのままつかえるようなサンプルは見つかりませんでした。（本もない） 何か設定が必要なのか、どこにどう書くのか調べまくり試行錯誤した結果、JavaScriptを動かすことができました。
ワードプレス＆PHP, JavaScriptの困ったを解決！
ワードプレス内でJavaScriptを使いたい（phpファイルに直接書き込み）
ワードプレス解決した方法
コード：参照ファイルをコピペ・修正
コードの知識も少ないため、コピペしてできるかどうかやってみる、ダメだったら次、ということを繰り返したところ、下記のコードでうまく行きました。
<form name="form" method="GET">
<input type="checkbox" name="aaa" onClick="AllChecked();" /> 全選択
<input type="checkbox" name="bbb1" />
<input type="checkbox" name="bbb2" />
<input type="checkbox" name="bbb3" />
</form>
<div>
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
function AllChecked(){
var check = document.form.aaa.checked;
document.form.elements['bbb1'].checked = check;
document.form.elements['bbb2'].checked = check;
document.form.elements['bbb3'].checked = check;
}
</script>
</div>参考サイトはこちら
非常にわかりやすく条件分けされていて、それぞれのサンプルもあり助かりました！
書く場所：PHPファイルに記述
今回は検索フォームなのでsearchform.phpに書きました。HTMLを記述後、その下に<script>と書いてあるのがJavascriptのコードです。
このように直接書きこむと、JavaScriptのコードが認識されないこと等あるようなので、<script>タグを<div>タグで囲みました。
ちなみにワードプレスのコードエディターに書くと、エラーが出て更新されなかったのでFTPを直接修正しました。（エラーが出るかはテーマによると思います。）
ワードプレスのテーマエディタでは、特に問題のないようなコードでも上記のエラーになることがあるそうです…
成功結果
全選択チェックボックスに✔を入れると、他の3つのボックスにも選択されます
とりあえず、JavaScriptを作用させることができました。
参考にしたサイト
ワードプレスでJavaScriptを使うには
【Wordpress】CSSやJavaScript（jQuery）ファイルを読み込む正しい方法｜WorPreYa
オリジナルのCSSやJavaScript（jQuery）を設定したい時に、テーマファイルに直接書いてしまえば手っ取り早いのですが、Wordpressの場合は書き方が異なるようです。そこで、WordpressのテーマにオリジナルのCSSやJavaScript（jQuery）...
worpreya.com
https://routecompass.net/post-838/
routecompass.net
プラグインを使わずにJavaScriptを記事内で使う方法
※記事内に商品プロモーションを含む場合がありますJavaScriptを記事内で使うと通常は正常に動作しません。 これは改行などがPタグなどに置き換わってしまう為。 簡単に問題を解決する方法としてプラグインを使う方法があり ...
b.eax.jp
こんな方法も調べました
プラグインを導入してやってみましたが、なぜか何も反応しませんでした。もしかして設定が足りないのかも。 WordPressに自作のCSS・JavaScript・HTMLを追加するには？ – Simple Custom CSS and JS
あと、JavaScriptファイルを作成し、それをfunction.phpで読み込む方法があります。CocoonにはすでにJavaScriptファイルがありますのでそちらのカスタマイズ方法も試行錯誤中です。